Eutrophisation
Un des grands problèmes que rencontre les plans d'eau est l'eutrophisation du milieu.De quoi s'agit-il ?
L'eutrophisation est l'enrichissement d'un étang en matières organiques en raison de la prolifération puis de la dégradation partielle des végétaux aquatiques morts en raison du manque d'oxygène dans l'eau. On remarque un appauvrissement en oxygène dans les eaux profondes qui favorise la formation de vase à partir de matières organiques partiellement décomposées. Ce phénomène est accéléré par l'apport des engrais agricoles, notamment des nitrates qui s'écoulent depuis les cultures dans les ruisseaux puis dans les étangs. Cet apport de substances nutritives va augmenter la production d'algues dans les plans d'eau. Cette brutale prolifération végétale conduit ensuite à une accumulation de matières organiques mortes, partiellement décomposées (vase) avec une diminution marquée de la teneur en oxygène au fond des étangs. Il s'en suit automatiquement une baisse de la biodiversité. Sur les côtés nord, est et sud-est, les étangs des Coeudres sont cernés par des champs cultivés. Lorsqu'il pleut beaucoup, des engrais et des sédiments fins sont emportés par les eaux de ruissellement et finissent dans les plans d'eau.
Cependant, en 2009, dans le cadre des travaux de restauration des étangs, la Fondation des marais de Damphreux a fait aménager un bassin filtrant (photographie ci-jointe) afin que les eaux chargées des ruisseaux pollués ne se déversent pas directement dans les étangs. L'image présente ce système d'épuration qui consiste à canaliser le ruisseau dans un bassin d'où l'eau déborde lentement dans des graviers. La plantation de roseaux n'a pas encore été réalisée. Les graviers retiennent les fines et, plus tard, les roseaux vont absorber une partie des nitrates. En aval, l'eau ainsi purifiée, poursuit son chemin vers les étangs.
Érosion des sols et comblement des étangs
À Damphreux, les sols des marais et ceux du bassin versant se sont constitués, le plus souvent, à partir de dépôts quaternaires de sédiments fins (dépôts éoliens appelés "lehm-loess)". En sous-sol, la roche-mère (horizon C) est constituée par des argiles généralement imperméables. L'eau, qui ne peut s'infiltrer, stagne en surface dans les dépressions. Depuis un ou plusieurs millénaires, les anciennes forêts humides ont été défrichées pour permettre une exploitation agricole extensive en prairies humides. Ces dernières, peu ou pas drainées sont devenu des bas-marais en milieu ouvert. En hiver 2008/2009, un sondage a été effectué, à la pelle mécanique, dans le bas-marais en amont de l'étang 6 des Coeudres. Le trou creusé permet d'observer le sol tourbeux en surface (horirons A et B) et les argiles imperméables sous-jacents (horizon C ou roche-mère).
Dans les terrains cultivés intensivement en maïs ou céréales, les horizons superficiels (A et B) sont formés de fines particules de « terres » qui sont facilement emportées par l'érosion, lors du ruissellement, en cas de fortes pluies.
Vu l'imperméabilité, dans les terrain en pente, l'eau de pluie ruisselle en surface et devient brune en emportant de fines particules de terre. Le sédiments fin se déposent dans les dépressions (marais, étang) ou sont emportés par les ruisseaux.
• Horizon A, sol tourbeux riche en matière organique.
• Horizon B avec plus de matières minérales que l'horizon A.
• Horizon C, argiles imperméables permettant d'expliquer la formation du marais.
Le 13 mai 1999, en Pratchie, les fines circulent avec les eaux de ruissellement depuis les terres ouvertes. Ces apports de sédiments et d'engrais enrichissent et comblent le bas-marais. Le 3 octobre 1999, l'eau chargée de particules fines de sol ("les fines") arrive dans l'étang 2 des Coeudres. ces matières en suspension vont se déposer et l'étang se comble trop rapidement. Les photographies du 4 mai 2002 illustrent l'érosion dans les terres ouvertes sur le versant sud du bas-marais de Pratchie, En cas de fortes pluies, les eaux de ruissellement emportent la terre arable. Le même phénomène s'observe le 23 février 2003 au niveau des cultures côté est des étangs des Coeudres. En 2006, lors de la vidange de l'étang 2, l'importante épaisseur de vase atteste de la décomposition partielle de la matière organique et des dépôts conséquents de fines au fonds du plan d'eau.
En Pratchie, une petite mare creusée en 2000 est déjà comblée après 3 ans d'érosion des terres ouvertes situées en amont. Les importants dépôts de terre arable érodée sont visibles lors de la sécheresse de l'été 2003. Le 18 mars 2005, dans les champs de céréales situés à l'est des étangs des Coeudre, l'érosion est marquée en cas de pluie avec des dépôts importants de sédiments en aval, contre et sur les prairies de la FMD et dans les plans d'eau. En application de la loi, ces observations justifient pleinement la mise en place de zones-tampon suffisantes d'un point de vue écologique décrétées le 28 novembre 2007 par la Chambre administrative du Canton du Jura, pour protéger deux bas-marais d'importance nationale.
Apports d'engrais
L'apport d'engrais dans les marais est illustré par la forte présence et la croissance de plantes nitrophiles comme le vulpin, en aval du chemin, démontre bien que les engrais suivent le même parcours que les "fines" et influencent négativement un bas-marais d'importance nationale.
Drainages
En Suisse, depuis plusieurs siècles, la plupart des marais ont été drainés. La surface des zones humides a donc été progressivement réduite de plus de 90%. L'Ajoie n'a pas échappé à ces mesures d'assèchement, notamment au niveau des surfaces agricoles utiles.
Cependant, depuis l'acceptation en 1987, par le peuple suisse, de l'initiative dite de "Rothenthurm" sur la protection des marais, une série de nouvelles lois ont peu à peu été élaborées. Ces dernières assurent une meilleure préservation de ces milieux rares et précieux.
Dans le cadre des améliorations foncières, les drainages systématiques ne sont plus automatiquement subventionnés. Cependant, le long des chemin et parfois dans des dépressions, des collecteurs sont mis en place et les privés peuvent se raccorder en drainant leurs parcelles à leur frais.
Sans l'intervention de la FMD, les marais de Damphreux auraient beaucoup plus souffert des améliorations foncières et des drainages. Malheureusement, sur des terrains privés et parfois même sur les parcelles de la FMD, plusieurs drainages ont été effectués depuis la nouvelles répartition des terres, en septembre 1998.